
El municipio tiene como coordenadas extremas al norte 21° 39; al sur 21° 08´ de latitud norte; al este 86° 42´y al oeste 87° 13´de longitud oeste. Sus colindancias son al norte con el Golfo de México y el Mar Caribe, al este con el Mar Caribe, al sur con el Mar Caribe y el municipio de Benito Juárez y al oeste con el municipio de Lázaro Cárdenas. Su distancia aproximada a Chetumal es de 385 Km. por tierra y 7 Km. por mar.

En la zona centro de Isla Mujeres encontrará numerosos restaurantes que ofrecen deliciosos platillos del mar: pescados y langostas, así como aquellos manjares que proceden de la herencia culinaria provocada por el mestizaje en la península de Yucatán y que aún conservan su toque tradicional, como el chirmole, el pipián, el papadzul, el relleno negro y la cochinita pibil.

Isla Mujeres cuenta con áreas protegidas ideales para practicar el ecoturismo mientras descubre la gran variedad de flora y fauna que en ella habitan.
Parque Nacional Garrafón. Se ubica en la Punta Sur de la isla, a 6 km de centro de Isla Mujeres, por la Av. Rueda Medina. Abierto de lunes a domingo de 8:00 a 17:00 horas.
En este lugar podrá observar diversas poblaciones de tortugas y aves marinas, así como realizar safaris fotográficos.
Isla Contoy. Se localiza a 30 km al norte de Isla Mujeres, por la vía marítima.
Este lugar es un santuario natural habitado por cientos de aves: grullas, fragatas, pelícanos y patos rabihorcados, entre otras especies; es ideal para organizar safaris fotográficos.
Tortugranja. Se ubica en calle Zac Bajo s/n, cerca de Playa Paraíso. En este lugar podrá conocer algunas de las varias especies de tortugas que habitan en la región, como la Tortuga Gigante de Mar, que llega a desovar entre los meses de mayo a septiembre; estos huevos son puestos, posteriormente, en corrales especiales que los mantienen a salvo de los depredadores.

El clima es cálido subhúmedo con lluvias en verano, la precipitación pluvial anual promedio es de 1,041.7 mm, con influencia de los ciclones en verano y otoño. La temperatura media anual es de 27.4° C.

En Isla Mujeres se llevan a cabo diversas celebraciones a lo largo de todo el año; entre las más importantes destacan: las festividades por el "Aniversario del descubrimiento y la fundación de la isla", en los meses de marzo y agosto, respectivamente; el "Carnaval", fiesta móvil que incluye la realización de desfiles con bailes, música y la coronación simbólica de reyes y reinas, así como la entrega de premios a los mejores disfraces y carros alegóricos; el "Día de la Marina Nacional", en el mes de junio, que incluye la realización de carreras pedestres alrededor de la isla; el Día de la Raza, el 12 de octubre; y el "Día de la Inmaculada Concepción", patrona de la isla, en el mes de diciembre, a quien se festeja con una procesión religiosa por la zona del Malecón.